A EMSPOS é composta por um coordenador e um coordenador-adjunto, designados em comissão de serviço pelos membros do Governo responsáveis pelas áreas das finanças e da saúde, e um gabinete de apoio técnico. 

Compete à Coordenação gerir e coordenar as respetivas atividades da EMSPOS, sem prejuízo de outras competências que lhe sejam conferidas por lei ou que nele sejam delegadas. 

A Coordenação é coadjuvada por um gabinete de apoio técnico constituído por um máximo de 4 elementos, para desempenhar funções de assessoria técnica, de gestão e de apoio administrativo.